Рабочие пласты на реке Хальмер-Ю были открыты летом 1942 года, партией геолога Г. А. Иванова. Уголь нового месторождения относился к марке «К», самой ценной для коксохимического производства. На месте будущего посёлка решено было оставить группу рабочих для определения параметров месторождения. Однако плохая погода конца осени и начала зимы отрезала группу от Воркуты. Предпринималось несколько попыток обнаружить группу и спасти людей. Глубокой осенью была сделана попытка доставить продовольствие на оленях. Из ста оленей в Воркуту вернулись четырнадцать, остальные погибли в пути. Ягель оказался вмёрзшим в лёд, и олени гибли от бескормицы. С самолётов обнаружить две небольшие палатки не получалось. В январе на поиски отряда вышел лыжный отряд. Группа рабочих была найдена в состоянии крайнего истощения и была транспортирована в Воркуту.
Разведку нового месторождения было решено продолжить, и весной 1943 года работы возглавил лауреат Государственной премии СССР Г. Г. Богданович. За лето была создана необходимая материальная база, уже к осени жило около 250 человек. Работали радиостанция, столовая, пекарня, баня, на зиму был заброшен необходимый запас продовольствия. Восемь буровых бригад одновременно проходили три глубоких шурфа. А для обеспечения посёлка топливом на другом берегу реки была заложена разведочно-экспедиционная штольня.
Шахта начала свою работу в 1957 году, её среднесуточная добыча составляла 250 тонн.
С переходом новой России к рыночной экономике встал вопрос о целесообразности существования Хальмер-Ю. 25 декабря 1993 года правительство РФ приняло постановление о ликвидации шахты. Осенью 1995 года планировалось завершить ликвидацию посёлка, причём правительство пыталось осуществить процесс по мировым стандартам, что потребовало огромных финансовых и материальных ресурсов. В результате при выселении использовались силы ОМОНа. Вышибались двери, людей насильно загоняли в вагоны и вывозили в Воркуту. Новое жилье людям ещё не предоставили, некоторые получили недостроенные квартиры. Переселение же их в общежития и гостиницы Воркуты делало людей заложниками обещаний властей, которым мало кто верил.
Сейчас территория посёлка используется как военный полигон под условным названием «Пембой». 17 августа 2005 года в ходе учений стратегической авиации бомбардировщик Ту-160, на борту которого находился российский президент Владимир Путин, произвёл запуск трёх ракет по бывшему дому культуры посёлка Хальмер-Ю
